Printre albumele thrash lansate în 1990 s-au numărat Rust in Peace de la Megadeth, Persistence of Time de la Anthrax , Slayer’s Seasons in the Abyss , Suicidal Tendencies ‘ Lights…Camera…Revolution! , Testament’s Souls of Black , Annihilator’s Never, Neverland și Kreator’s Coma of Souls . Toate aceste albume au fost puncte de vârf comerciale pentru artiștii menționați mai sus. Majoritatea acestor trupe s-au angajat în turneul Clash of the Titans în acel an.

În anii 1990, pe măsură ce unele trupe explorau direcții mai inovatoare, trupele care cântau thrash metal clasic au fost văzute ca bătând în retragere. Albumul din 1992 al lui Iced Earth , Night of the Stormrider a combinat power metal și thrash metal. Albumul lui Dark Angel, Time Does Not Heal , a fost un thrash progresiv, provocator din punct de vedere tehnic, cu o serie de riff-uri complexe. Multe trupe, însă, au optat pentru un sunet mai lent, mai orientat spre groove , inclusiv Machine Head (formată din Vio-Lence ) și Pantera .

În timp ce rockul alternativ a fost genul predominant al anilor 1990, thrash metalul a reușit să câștige influență. Trupa de rock alternativ Primus (care a prezentat fostul chitarist Possessed Larry LaLonde) a combinat liniile de bas funky ale lui Les Claypool cu riff-uri de chitară influențate de thrash și melodii cu tempo rapid.

Multe trupe veterane de thrash metal au început să se schimbe la stiluri mai accesibile, mai prietenoase cu radioul. În 1991, Metallica a lansat albumul Metallica , care a înregistrat vânzări record de albume pentru trupă. Mai târziu în deceniul, trupa a lansat Load (1996) și ReLoad (1997), care au afișat ambele influențe minore de blues și rock sudic .

Megadeth și Anthrax și-au schimbat, de asemenea, sunetul în anii 1990 din diferite motive. Megadeth a luat o cale mai accesibilă cu albumul Countdown To Extinction din 1992, care a avut succes atât la nivel critic, cât și comercial, cu un șir de single-uri și videoclipuri de succes. Anthrax s-a despărțit de solistul Joey Belladonna și l-a recrutat pe cântărețul Armored Saint John Bush , al cărui stil vocal era diferit de cel al vocalistului lor anterior. Prima lansare din noua linie a fost albumul din 1993 Sound of White Noise .

Alte trupe de thrash metal au început în urma unei schimbări stilistice similare. Testament a lansat The Ritual, mainstream și melodic, în 1992, înainte de a trece la un sunet mai orientat spre death metal , care va urma pe parcursul anilor 1990. Annihilator a trecut la un stil mai comercial în Set the World on Fire și King of the Kill înainte de a reveni la un stil mai orientat spre thrash. Kreator a început să experimenteze cu metalul industrial și goth, începând cu Renewal. Unele trupe, precum Slayer, nu au adoptat o abordare mai mainstream. Albumul lui Slayer, Divine Intervention , are un sunet thrash clasic.

Membrii Sepultura, Annihilator și mulți alții au cântat pe albumul RoadRunner’s United în 2005-06. Prima lansare de acest fel a combinat talentele thrash vintage cu muzicieni metal mai noi care încorporează stiluri thrash. Recent, au existat trupe mai vechi de thrash metal care s-au reunit și au lansat noi albume, inclusiv Nuclear Assault, care tocmai și-a lansat recent noul album Third World Genocide . Recent, formația originală a trupei Testament s-a reunit și a făcut turnee, a existat și un album live și un videoclip lansat cu formația clasică numită Live In London.